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ChIP-seq是最-廣泛使用的染色質圖譜檢測方法，但有很大的局限性，具體表現為：
1.高細胞需求量；
2.低吞吐量；
3.技術困難；
4.高成本，深度測序；
5.數據質量差，變量大
CUT&RUN和CUT&Tag檢測法正在取代ChIP-seq
簡化的工作流程跳過了ChIP-seq實驗法中的挑戰性步驟，包括染色質片段化和抗體pull down，用更少的細胞和測序讀數得到更佳的數據。
具體變現為：
1.低細胞需求量；
2.高吞吐量；
3.操作流程更簡易；
4.低成本，測序讀取次數更少；
5.數據質量可靠，重復性好
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